金元时期，社会动荡、战乱频繁，给普通民众带来了无尽的苦难。但另一方面，由于政局不稳，削弱了统治者在思想方面的统治，这有利于学术的创新。在医学方面，金元时期涌现出刘完素、张元素、张从正、李东垣、王好古、朱丹溪等一大批医学大家，他们推陈出新、著书立说，发展医学理论，一时间大有百花竞放之势，后世有医之门户分于金元之说。
徐彦纯，字用诚，元末明初医学家，系元代著名医学家朱丹溪的弟子。徐彦纯发现金元以来虽医学兴盛，但同时也门派林立，各医家学派对本草的论述也不尽相同，常使基层的医生感到迷惑，于是对张元素、朱丹溪、成无己、王好古等医学大家有关本草的记述进行摘录整理，编成《本草发挥》。
《本草发挥》共4卷，卷1至卷3论药物，分为金石部、草部、木部、人部、兽部、禽部、虫鱼部、果部、米谷部、菜部，共记载常用药物274种。其中，卷1记载金石部药材23种、草部药材33种;卷2记载草部药材87种;卷3记载木部、人部、兽部、禽部、虫鱼部、果部、米谷部、菜部药材131种。卷4论药性理论和用药原则，介绍选药和组方法则，如引经药、随证治病用药、制方之法等。
《本草发挥》引用的金元医家书目主要有成无己的《注解伤寒论》《伤寒明理论》、张元素的《医学启源》、王好古的《汤液本草》、朱丹溪的《本草衍义补遗》等。金元时期各位医家新的学术思想、新的临床用药经验都在《本草发挥》得到了较好的保存和传承。
《本草发挥》中每药均先引用《神农本草经》《政和本草》，以叙述药物性味、功能及主治，然后博采张元素、王好古、朱丹溪、成无己等诸家之说以阐其义，不仅论述了药物气味厚薄、阴阳升降之属性，还论述了药物君臣佐使、脏腑补泻之应用，具有以下特点。
治学态度严谨 内容详加考证
徐彦纯治学严谨，态度端正，在征引前人文献时，多对征引文献详加考证。
一是补齐引文的不足。如吴茱萸，在征引《汤液本草》时，原文没有须深汤中浸去苦烈汁，凡六七过，始可用一句，但徐彦纯经过考证将其续加到《本草发挥》。黄连、人参、麦门冬等均出现过这种情况。
二是查证引文的源头。如铅丹，《本草衍义补遗》原文为：铅丹属金，而有土与水火。丹出于铅而曰无毒，又曰凉。未言明凉，无毒的源头出处。《木草发挥》在征引《本草衍义补遗》时记载，而《日华子》云：凉，无毒。对征引文献的源头做了考证。
三是对所引诸家文献进行了辨析，而非全盘摘抄。如杉材，朱丹溪所著的《本草衍义补遗》中记载，杉材属阳金而有火。用节作汤，洗以脚气肿，言用屑者似乎相近。《本草发挥》却记载，杉属阳金而有火。用节作汤，浸洗以治脚气肿痛，言用屑者非也。引用朱丹溪的原话，对《本草衍义补遗》中杉屑能治疗脚气肿的观点进行了否定。《本草发挥》对所引诸家文献进行考证辨析，使其对于所引诸家文献的正确传播产生了积极的促进作用。
综合金元医家所长 突出学术理论特点
一是以经论药、纲举目张。成无己为宋金时期研究《伤寒论》的医家之一，他精于医理，擅长临床，运用《黄帝内经》《难经》的理论为指导，来分析伤寒病的病机、治则、方剂等，使《黄帝内经》《难经》与《伤寒论》之间一脉相承。运用《黄帝内经》注解《伤寒论》条文是成无己的《注解伤寒论》《伤寒明理论》的一大特点。
成无己以经注论的特点在《本草发挥》中得到了继承和发展。以《黄帝内经》理论为原则指导用药是《本草发挥》的一大特点。如芒硝，热淫所胜，治以咸寒。芒硝之咸，以攻蕴热;人参，脾欲缓，急食甘以缓之，人参之甘，以缓脾气;当归，《黄帝内经》曰，脉者血之府也。诸血皆属心。通脉者，必先补心益血。苦先入于心，当归之苦，以助心血。
二是注重药物升降、阴阳、气味厚薄、归经等药性理论。易水学派大师张元素非常注重药性，在《医学启源》中对药物的升降、阴阳、气味厚薄、归经理论进行了深入的探讨，这一特点在易水学派学术中较为突出。
《本草发挥》秉承了易水学派注重药性理论的特点，在论述各药时，多详述药物的升降、阴阳、气味厚薄、归经等药性理论对临床用药的指导。如苦参，苦参气寒味苦，是足少阴肾经之君药也，治本经须用。《主治秘诀》云：苦，阴，气沉，逐湿。卷4药性理论也有气味厚薄寒热阴阳升降图、去脏腑之火等数篇专门介绍药物升降、阴阳、气味厚薄、归经等药性理论。
三是以归经指导辨证用药。张元素非常注重药物的归经，认为同一类药物，由于归经不同，则作用不尽相同，只有取各药性之长，使之各归其经，才能疗效显著。以归经指导辨证用药的特点在《本草发挥》中比较明显，如川芎，头痛须用川芎，如不愈，加各引经药：太阳羌活，阳明白芷，少阳柴胡，太阴苍术，厥阴吴茱萸，少阴细辛也。如顶巅痛，须用藁本，去川芎。石膏，足阳明也。又治三焦皮肤大热，手少阳也。仲景治伤寒阳明经证，身热，目痛鼻干，不得卧。身以前，胃之经也。胸，胃肺之室也。邪在阳明，肺受火制，故用辛寒以清肺，所以号为白虎汤也。归经理论由张元素创建，在易水学派中得到了发扬，《本草发挥》注重归经指导辨证用药的特点亦源于易水学派。
四是对药物五行学说有所继承。《本草发挥》中药物五行学说随处可见，如滑石，丹溪云：滑石属金，而有土与水。无甘草以和之，勿用。药物五行学说在朱丹溪的《本草衍义补遗》中体现较多，这与朱丹溪精于理学有一定关系。徐彦纯长于经学，在药物五行学说上颇受朱丹溪影响。
在医学理论百家争鸣的背景下，《本草发挥》总结了金元医家对中药药性、药理方面的论述，贴近临床实际，受到了明初医生的热烈欢迎。明代御医薛铠、薛己父子对其进行了整理校订，并将其编入《薛氏医案二十四种》中，在明清多次被翻刻重印，对中医学术和临床产生了深刻影响。
《本草发挥》引用《政和本草》与金元诸家本草之说而成书的体例特点对后世本草学也产生了深远影响，《神农本草经会通》《本草纲目》《仁寿堂药镜》等本草学著作都深受其影响。