【古代炮制方法】南朝宋时有焙制(《雷公》)。唐代有熬炒令黄(《外台》)。宋代有火炮微黄(《圣惠方》)、炒令香(《证类》)。元代有湿纸裹煨制(《活幼》)、炒黄色(《疮疡》)。明代增加了烧红酒淬制(《纲目》)。清代又有了炒焦、制炭(《医案》)等炮制法。
【现代炮制方法】
1、生六曲：取杏仁、赤小豆碾成粉末，与面粉混匀，加入鲜青蒿、鲜辣蓼、鲜苍耳草药汁，揉搓成捏之成团、掷之即散的粗颗粒状教材，置模具中压制成扁平方块( 33厘米×20厘米×6.6厘米)，用鲜苘麻叶包严，放入箱内，按品字形堆放，上面覆盖鲜青蒿，置室温在30～37℃之间的室内，经4～6天即能发酵，待药面生出黄白色霉衣时取出，除去苘麻叶，切成2.5cm见方的小块，干燥。每面粉100千克，用奄仁、赤小豆各4千克，三种鲜草各7千克。药汁为鲜草汁合其药渣煎出液。
2、炒六曲：取生六曲置炒药锅内，用文火加热，炒至表面微黄色，取出，放凉。
3、焦六曲：取生六曲置炒药锅内，用文火加热，不断翻炒，至表面焦黄色，内部微黄色，有香气逸出时，取出，放凉。
4、麸炒六曲：先将麸皮撒入预热的炒药锅内，待冒浓烟时投入生六曲，迅速翻炒，直至药面棕黄色时取出，筛去麸皮，放凉。六神曲每100千克用麸皮10千克。
【饮片性状】神曲为立方形小块。表面灰黄色，粗糙，质脆易碎，微有香气。炒六曲形如生六曲，表面黄色，偶有焦斑，质坚硬，有香气。焦六曲，形如生六神，表面焦黄色，内部微黄色，有焦香气。麸炒六曲形如生六曲，表面深黄色，有麸香气。
【炮制目的】六神曲味甘、辛，性温。入脾经、胃经。具有消食健胃的功能。
六神曲生用健脾开胃，并有发散作用，常用于感冒食滞。炒焦后消食化积力强，以治食积泄泻为主。麸炒后具有甘香气，以醒脾和胃为主，用于食积不化，脘腹胀满，不思饮食，肠鸣泄泻等。
【应用选择】
1、生用健脾开胃，并有发散作用，常与山楂、紫苏、藿香等同用，可治感冒食滞。
2、制用焦六曲消食化积力强，以治食积泄泻为主，如治时暑暴泻及饮食所伤，胸膈痞闷的曲术丸(《局方》)。麸炒六曲以醒脾和胃为主，用于治饮食积滞，腹胀腹满，不思饮食的健脾思食方(《局方》)。
【现代研究】六神曲含有挥发油、淀粉酶、蛋白酶等。现代研究表明，六神曲中的消化淀粉效价，经炒黄炮制后有不同程度的保存，一般保存了生品的60%，而炒焦后的六曲其消化淀粉效价基本消失。通过检测目前国内神曲和建曲等药曲中消化酶的含存情况来看，衡量六神曲等药曲的内在质量及判断制备工艺的合理性方面，可用蛋白酶和淀粉酶为指标。采用单一菌种和以麦麸替代面粉作为六神曲的发酵营养源，发酵效果好，可降低成本，缩短发酵周期，消化酶含量也高，工艺合理，质量稳定，发酵过程中可避免杂菌，临床证明，具有与天然发酵品同等疗效。目前有些产品质量达不到要求，主要是大幅度削减其面粉量，投以大量杂粮代替，如玉米粉、高粱粉；或将青蒿、苍耳草等晒干，碾成粉掺入；或操作不当，曲块中夹有变质心、白色糖心；或控制发酵条件不当。另有报道，以蛋白酶和淀粉酶为指标，认为麦麸代面粉并基质灭菌纯种发酵的新工艺是可行的。亦有认为以麸、面(75:25)制曲，其菌丝生长情况良好。
对4种外观质量不同的神曲进行了酶活力及pH的测定，实验结果认为，六神曲外观质量不同，其酶活力及pH值亦有不同。其中以内土黄色，外灰绿色，质地较硬，有辛酸苦，陈腐气者，酶活力较高，酸度较低者，质量较好。炮制前后神曲中17种微量元素的分析结果表明：Zn、Mn、Cu、Fe等人体必需微量元素的含量较高，焦神曲所含微量元素较生神曲高。
六神曲的麸炒品和炒焦品能较好地促进胃的分泌功能和增强胃肠的推动功能，并且两工艺在制品性状、收得率方面也优于其他制品，是六神曲用于健脾消食的两种较好的规格。
【附】
1、近代炮制方法还有炒炭法。
2、文献摘录麴，凡使，捣作末后，掘地坑，深二尺，甩物裹，内坑中至一宿，明出，焙干用(《雷公》)。凡用须火炒黄，以助土气，陈久者良(《大法》)。消导炒用，发表生用《便读》)。生用力胜，主消米食积滞，痰饮癥结，胸满疟痞，小儿腹坚，皆能奏功，又能回乳。炒研酒服，《启微集》云治目疾。生用能发其生气，熟用能敛其逆气(《辨义》)。
【总结】神曲载于《药性论》。历代有多种不同炮制方法，常用的有炒、麸炒及生品。近代对其炮制方法有不同看法，从消化酶的活力考虑，有人主张用生品。传统用法是发散走表生用，健脾消食需炒用。用炒神曲的水煎剂治疗小儿单纯性消化不良，疗效优于乳酸钙片、酵母片、胃蛋酶合剂、磺胺嘧啶或磺胺胍、合霉素等对照药物。中医常用焦山楂、焦神曲、焦麦芽治疗消化不良，疗效确切，故有焦三仙之美称。