《仁斋直指方论》的作者是杨士瀛，字登父，号仁斋，三山(今福州市)人，南宋著名医学家，被后世称为德医福建四大名医之一。杨士瀛以济人利物之心，悉心钻研，剖前哲未言之蕴，摘诸家已效之方，济以家传，参之《肘后备急方》，著成《仁斋直指方论》。
《仁斋直指方论》共26卷。其中仁斋是杨士瀛的号，显示其治病救人的高洁志向；直是明白易晓的意思，指是发踪以示的意思，直指表明作者编撰此书的目的是揭为直指之捷径，使读者心目了然。该书内容丰富，选材精当，对病识证，因证得药，是现存较早的方论紧密结合的方剂学专著。
《仁斋直指方论》又名《仁斋直指方》《仁斋直指》，以论治内科杂病为主，兼论外科及妇科病证，是杨士瀛医学理论与临证实践的总结。第1卷为总论，论述五脏所主、阴阳五行、荣卫气血、脉病逆顺等基础理论；第2卷为证治提纲，为作者临证经验总结；第3~19卷论内科病证治；第20~21卷论五官病证治；第22~24卷论外科病证治；第25卷论诸虫所伤；第26卷论妇科证治及血证证治。该书将诸科病证分为72门，每门之下均先列方论，记述生理病理、证候表现、疾病分类、治疗法则；次列证治，条陈效方、各明其主治病证、方药组成、药物修制方法、服用注意事项等。
《仁斋直指方论》具有以下特点：
一、重视气血的作用
一是认为气为血帅，气行血行。杨士瀛认为，气血为人身之根本，气为阳、血为阴。气是血液循行的动力，对血起主导和统帅作用。盖气者，血之帅也，气行则血行，气止则血止，气温则血滑，气寒则血凝，气有一息之不运，则血有一息之不行。他进一步强调，人以气为主，一息不运则机缄穷，一毫不续则穹壤判血脉之所以流行者，亦气也。
二是认为气血失调是疾病发生的根源。杨士瀛认为，气之为病，常见发作寒热、情志改变，气聚而为积痞、疝、瘕、癖，上为头旋，中为五膈，下为脐间动气，或喘促，或咳噫。聚则中满，逆则足寒。血之为病，妄行则吐衄，衰涸则虚劳，蓄之在上，其人忘；蓄之在下，其人狂逢寒则筋不荣而挛急，挟热毒则内瘀而发黄，在小便为淋痛，在大便为肠风。
三是治疗上倡导调气为上。杨士瀛认为，病出于血，调其气犹可导达病源。于气，区区调血何加焉?故人之一身，调气为上，调血次之，是亦先阳后阴之意也。在此原则下还应因病制宜，又不可不通其变也。
四是认为气血是五脏联系的基础。杨士瀛认为，心肺在上主脉气，肝肾在下藏精血，脾居中州，为精血脉气之养。又心为血之主，肝为血之藏，肺为气之主，肾为气之藏，脾胃为后天生化气血之藏。五脏各有所主，病证随所主而各有表现。
五是对五脏相关的诊治有独到见解。杨士瀛认为，心者脾之母，进食不止于和脾，火能生土，主张调理脾胃时佐用调心之药，如调中散、大异香散、二香散等调理脾胃方均配伍益智仁，取其温行心脾之气的功效。其肾不纳气观点，认为肺出气也，肾纳气也，肺为气之主，肾为气之藏，若肾虚不能收气归元以致咳嗽加重，当以地黄丸、安肾丸主之，毋徒从事于肺；若喘嗽气鸣，以生姜、橘皮、肉桂等调其气，以天南星、半夏、细辛豁其痰；而终不下降者，必佐以补骨脂或安肾丸辈，则其气归元。
二、区别论治痰涎水饮
隋唐以前，痰与饮无明显区分，故日本著名汉医学家丹波元简说：盖古方详于饮而略于痰，后世详于痰而略于饮，诸家唯杨仁斋书析为二门，其他则淄渑无别。杨士瀛将痰涎、水饮分别论治，对后世多有启发。杨士瀛认为气血痰水，受病于内者也；风寒暑湿，致寇于外者也，这与朱丹溪提出的四伤学说相似。
杨士瀛认为，水饮多因脾土有亏，水浆不化，为喘为咳、为呕为泄、为痞膈、为胀满、为眩晕、为怔忪、为寒热、为坚痛、为浮肿、为多唾、为短气。致病机理为人惟脾土有亏，故平日所饮水浆不能传化，或停于心下，或聚于胁间，或注于经络，或溢于膀胱，往往因此而致病矣。对于水饮所致诸疾，区别表里虚实，方证明确。能以表里虚实订之斯得矣(表有水者)青龙汤汗之而愈(里有水者)十枣汤下之而安虚者以安肾圆为主，实者以青木香圆为主。
杨士瀛认为，津液不守，所以痰多，痰的形成与气脉闭塞、脘窍凝滞有关，痰证多种多样，为喘、为嗽、为壅、为呕、为眩晕、为风痫、为狂迷、为忪悸等。夫痰者，津液之异名，人之所恃以润养肢体者也。血气和平，关络条畅，则痰散而无；气脉闭塞，脘窍凝滞，则痰聚而有。他在治疗上指出：疗痰之法，理气为上，和胃次之。书中给出橘皮汤等14首治痰方剂，除常用化痰药物天南星、半夏、桔梗等，还使用辰砂、白矾等矿物药，为后世提供了宝贵经验。
三、重视脾胃理论
杨士瀛对脾胃理论非常重视，并加以发挥应用。
一是阐明脾胃的生理功能，强调脾胃的重要性。杨士瀛认为，在天为湿，在地为土，在人为脾，惟脾则主湿。人受谷气于胃，胃为水谷之海，灌溉经络，长养百骸，而五脏六腑皆取其气。虽然脾胃合气，以消水谷，水谷既分，安有所谓泄?
二是认为脾胃运化失常，五脏六腑失其所养，导致疾病丛生。况夫湿能伤脾，脾土一亏，百病根源发轫于此矣。杨士瀛针对脾胃失调，详辨其证，对证立方，据方施治，在治疗上有和调胃气法、益脾顺气法、固卫厚脾法等。
四、重视问诊和脉诊
针对当时有些患者多秘所患以求诊，以此验医者之能否、医者亦不屑下问，孟浪一诊，以自挟其所长，杨士瀛强调问诊的重要性，告诫患者至于有疾，必先尽告以所患而后诊视，使医者了然，知厥疾之所在，告诫医者问证以参脉，所谓医者意也是尔。乌可举一而废一哉?杨士瀛的告诫至今仍具有指导意义。
杨士瀛重视脉诊，认为脉病逆顺之不可不早辨也。盖人有强弱盛衰之不等，而脉实应焉；脉有阴阳虚实之不同，而病实应焉。杨士瀛在书中总结了近百种五脏及奇经八脉病变所出现的脉象变化，详细论述脉与证的临床关系，尤其重视脉象的变化，这对于疾病的诊断、治疗及预后具有指导意义。
五、注重疗效，善于总结
杨士瀛十分推崇张仲景学说，深得其精髓，对临床各科病证多以张仲景方药为施治准则；同时，还引用《千金要方》《太平圣惠方》等多种方书中的医方，在治疗中务求实效。杨士瀛在利用经方时也经常灵活化裁。如用于治疗肾阳虚衰、水气内停的玄武汤，加细辛、生干姜、五味子等，来治年高气弱久嗽之证，体现其灵活的特点。除经方、时方外，杨士瀛在书中以大量篇幅记载自己的临证经验，如柴胡退热不及黄芩肾热用五苓散酒家有病勿用温药等。
《仁斋直指方论》在医学理论上多有阐发创新，总结医学经验条理分明，深受后世医者赞许，在日本、朝鲜也备受重视。