【古代炮制方法】南朝宋时有酒酥复制法(《雷公》)。宋代增加了浸法(《圣惠方》)，酒洗法、水煮制(《证类》)，酒煮制(《局方》)，酒蒸制(《济生方》)，焙制(《洪氏》)等炮制方法。元、明时代又有了面煨(《儒门》)、酒炒法(《普济方》)、酥炒法(《景岳》)，在煮制工艺上提出了“于银石器中文武火煮”(《普济方》)。清代新增了“泡淡”法(《条辨》)，在酒蒸制时强调“以甑蒸之”并“忌铁器”(《本草述》)。此时，其炮制方法已达十五六种。
【现代炮制方法】
1、肉苁蓉：取原药材，除去杂质，大小个分开，稍浸泡，润透，切厚片，干燥。盐苁蓉须用清水漂净盐后，晒至七八成千，闷润，再切片，干燥。
2、酒苁蓉：取肉苁蓉片，加入黄酒拌匀，置炖罐内，密闭，隔水加热炖透。或置适宜的容器内，蒸透，至酒完全被吸尽，表面黑色时取出，干燥。肉苁蓉每100kg用黄酒20kg。
【饮片性状】肉苁蓉为不规则的圆形厚片；表面棕褐色或灰棕色；中间有淡棕色点状维管束，排列成波状环纹；周边呈灰黑色鳞片状；质坚脆；气微，味甜微苦。酒苁蓉形如肉苁蓉，表面黑棕色，质柔润，味微甜，微有酒气。
【质量标准】肉苁蓉含水分不得过10.0%，总灰分不得过8.0%，醇溶性浸出物不得少于25.0%。肉苁蓉含松果菊苷和毛蕊花糖苷的总量不得少于0.30%。管花肉苁蓉含松果菊苷和毛蕊花糖苷的总量不得少于1.5%。
【炮制目的】肉苁蓉味甘、咸，性温。归肾经、大肠经。具补肾阳，益精血，润肠通便之功能。
肉苁蓉生品以补肾止浊、滑肠通便力强，多用于肾气不足之便秘，白浊。酒制后增强补肾助阳之力，多用于阳痿、腰痛、不孕。
【应用选择】
1、生用
(1)肾气不足：常与山药、茯苓、菟丝子等同用，能补肾益精，可用于肾气不足之遗精，遗尿。
(2)便秘：常与当归、地黄、白芍等同用，能润燥滑肠，可用于老人血虚肠燥之大便秘结，如苁蓉润肠汤(《济生》)。
2、制用(酒苁蓉)
(1)阳痿：常与菟丝子、蛇床子、五味子、淫羊藿等同用，能补肾壮阳，可用于肾阳不足之阳痿不起等。
(2)不孕：常与当归、熟地、肉桂、附子等同用，能温肾暖宫，可用于冲任虚寒，宫冷不孕。
(3)腰痛：常与杜仲、续断、菟丝子等同用，能补肝肾，强腰膝，可用于肝肾不足之腰膝疼痛，如肉苁蓉丸(《圣惠方》)。
【现代研究】肉苁蓉主含甜菜碱、甘露醇、麦角甾苷、游离氨基酸等。均系亲水性成分，可在汤剂中被煎出。现代研究表明，应用比色测定肉苁蓉炮制品中甜菜碱的含量，结果，生片为4.30%，酒炖片为7.52%，清炖片为9.16%，清蒸片为7.88%，浸泡片为2.47%，高压酒炖片为7.68%，白酒炖片为5.99%。这一结果说明肉苁蓉经加热炮制后其甜菜碱的含量明显升高，温度是其含量变化的主要因素，浸泡后几乎损失一半，辅料中白酒炮制不如黄酒好。应用高效液相层析法测定肉苁蓉不同炮制品中麦角甾苷含量，结果，生片为0.34%，酒炖片为0.14%，清炖片为0.14%，清蒸片为0.17%，浸泡片为0.31%，高压酒炖片为0.060%。由此可见，麦角甾苷在炮制品中的含量均降低一半左右，尤其是高压处理后，含量降低更多，水浸泡片因未受热而含量降低不多。应用氨基酸自动分析仪测定肉苁蓉不同炮制品游离氨基酸总含量(mg/100mg提取物)，结果，生片0.0589，酒炖品0.0703，清炖片0.0207，高压清炖片0.0152，高压酒炖片0.0572，辅料黄酒中的氨基酸含量为5.0764mg/ml，这一研究结果说明，黄酒中含有丰富的氨基酸，用黄酒炮制肉苁蓉可以提高其氨基酸的含量，但加热时间不宜过长，以12小时为宜；不加酒炮制品中氨基酸的含量都较低。氨基酸对人体具有补益作用，故应用黄酒炮制肉苁蓉可增强其补益作用的说法是有一定道理的。
在药理研究中，对大小幼鼠的促激素样作用观察，无论是生肉苁蓉还是酒苁蓉，均可明显增加大小鼠的精囊、前列腺及睾丸的重量，生品还明显增加大鼠的脾重，酒制品则明显增加胸腺重，但两者之间无明显差异；对去势大鼠的雄激素样作用观察，生品和炮制品均能非常明显地增加精囊、前列腺重量，酒制品还明显增加胸腺重量；对小鼠腹腔巨噬细胞吞噬功能的作用，无论生品还是酒制品对雌性小鼠均可显著增强巨噬细胞的吞噬百分率及吞噬指数，可使被强的松抑制低下的非特异性免疫恢复到一定水平，但两者之间无显著性差异。以上实验结果说明肉苁蓉具有促激素样的作用及雄激素样的作用，但无睾丸素样的副作用，不会使大鼠的肾上腺及胸腺萎缩，还可使胸腺和脾腺增重，并使肾阳虚时低下的免疫功能显著提高。肉苁蓉具有通便作用，实验证明，肉苁蓉、盐生肉苁蓉、沙苁蓉、管花肉苁蓉和它们的炮制品均能显著提高小鼠小肠推进功能，4种药材又能显著缩短小鼠通便时间，但酒制后，这种作用不显著。其中肉苁蓉通便作用最强，沙苁蓉最弱，药材经炮制后，通便作用减弱。
有研究表明，肉苁蓉能引起大鼠胃底肌肉和豚鼠回肠肌肉的收缩，并能被阿托品所抑制，肉苁蓉所含主要有效成分之一甜菜碱与胆碱结构极为相似，推测其具有拟胆碱活性，故认为肉苁蓉润肠通便的机理与甜菜碱有关。肉苁蓉具有壮阳补肾的功效，其有效成分主要是苯乙醇苷类成分，如松果菊苷、洋丁香酚苷类等。它主要通过两种途径起作用：其一：增强下丘脑一垂体一肾上腺功能，促进体内相关递质和激素的释放，提高性欲；其二，抗疲劳、提高身体机能。此外，肉苁蓉还具有保护肝脏，增强机体抗衰老能力和抗氧化作用等。
通过不同方法炮制的肉苁蓉对“阳虚”动物DNA合成率及金属微量元素的测定表明，肉苁蓉经蒸制均有增加DNA合成率的作用，并含有较高的与中医“肾”密切相关的锌、锰等元素，且制盐大芸比淡大芸作用较强，含锌、锰、铜、铁量亦高，说明肉苁蓉传统蒸法炮制有意义，并提示盐大芸炮制无需漂尽盐分，洗净直接蒸制，既可减轻烦琐工序，又可提高临床疗效。
肉苁蓉的最佳炮制工艺，以甜菜碱和麦角甾苷的含量为指标，对酒炖法中的不同工艺进行正交设计，结果是加入黄酒30%、水25%、蒸炖12个小时者为最佳。这一新型工艺与北京同仁堂制药厂的酒炖法比较，蒸炖时间缩短一半，并省去了倒罐工艺和劳力，一般药厂均可炮制，新工艺技术参数明确，易于掌握，使肉苁蓉饮片的质量能得以保证。
【附】
1、近代炮制方法还有酒浸法、单蒸法、黑豆煮、蒸复制法。
2、文献摘录肉苁蓉“凡使，先须用清酒浸一宿，至明，以棕刷刷去沙土、浮甲尽，劈破中心，去白膜一重，如竹丝样是，此偏隔人心前气不散，令人上气不出。凡使用，先须酒浸，并刷草了，却蒸，从午至酉，出，又用酥炙得所”(《雷公》)。“专补肾中之水火，余无他用，若多用之能滑大肠，古人所以治虚人大便结者，用肉苁蓉一两，水洗出盐味，别用净水煮，即下大便，正取其补虚而滑肠也”(《新编》)。
【总结】肉苁蓉在《神农本草经》中被列为上品，南北朝始创酒酥制，而后有浸、蒸、焙、炙、煮、煨、炒等；辅料有酒、酥油、面等，但以单一洒炙为主，酒与酥油合炙为次。酒制法始见于宋代，酒制品主要用于治肾气虚，腰脚无力及一切风证(《圣惠方》)，还可补不足，强目力(《普济方》)。后世各代广为沿用，亦为《中国药典》收为法定的炮制方法。
肉苁蓉净制时要求去“浮甲”与“白膜”，《仁术便览》云：“不去隔人心气不散正气不出”，近代已无此要求。肉苁蓉有“甜苁蓉”与“盐苁蓉”之别。对盐苁蓉明代提出用酒浸去咸，可能成本太高，清代改用水漂去咸，水漂虽能去咸，但亦会溶去水溶性的有效成分，故而有人提出无需漂净盐分.洗净即可，此说当亦在理。肉苁蓉经过酒蒸制之后甜菜碱的含量提高，壮阳补益作用增强，润下作用缓和，所以酒蒸肉苁蓉的炮制经验是成功的，应予以充分肯定。