【古代炮制方法】汉代有炒法(《玉函》)。南北朝刘宋时代有盐制、醋制(《雷公》)。唐代有姜汁制、酒制(《食疗》)，熬制(《外台》)等法。宋代有炒令熟、炒令焦、醋制、焙制(《圣惠方》)，煨制(《博济》)，汤浸(《衍义》)，“水浸去涎炒”、醋浸炒、酒浸炒、黑豆制、汤浸去涎大豆同炒(《总录》)，酒醋童便复制(《局方》)，盐制(《总微》)，米醋熬(《三因》)，汤煮(《妇人》)，蒸制、童便浸(《朱氏》)等炮制方法。元代有汤洗焙干(《脾胃论》)、酒洗焙(《宝鉴》)、盐炒(《丹溪》)等法。明代有烫浸炒黄、醋浸炒黄、酒浸炒香熟、酒醋小便米泔或猪胞酒醋小便盐复制、火炮、酒醋制、破故纸炒(《普济方》)，水浸、黄连炒、牵牛子炒(《奇效》)，汤泡烘干(《蒙筌》)，煮制(《撮要》)，汤浸去苦汁盐水炒(《入门》)，滚盐汤泡去毒炒(《仁术》)，盐汤泡焙干(《必读》)，童便制(《景岳》)，炒黑(《济阴》)等方法。清代有黄连制(《握灵》)、盐汤洗焙干(《本草汇》)、沸水泡(《崇原》)、盐炒童便煮(《说约》)、糯米煮制(《本草述》)、酒洗(《金鉴》)等炮制方法。
【现代炮制方法】
1、吴茱萸：取原药材，除去杂质及果柄、枝梗。
2、制吴茱萸：①取甘草片置锅内，加水(1:5)煎煮两次，去渣，加入净吴茱萸拌匀，闷润吸尽后，用文火加热，炒干，取出晾凉，吴茱萸每100kg用甘草6kg。②取净吴茱萸，加盐水拌匀，稍闷，置炒制容器内，用文火加热，炒至裂开，稍鼓起时，取出晾凉，吴茱萸每100kg用食盐3kg。③取净吴茱萸，置炒制容器内，用文火加热，炒至发泡，较原色稍深为度，取出晾凉。
【饮片性状】吴茱萸呈扁球形，略带5棱或浅成梅花状，直径2～5mm；表面黯黄绿色或绿褐色，粗糙，有许多点状突起的油室；顶面稍下凹，有5条小裂缝似五角星状；基部有果梗残痕或短果柄；质硬而脆；气香浓烈，味辛辣而微苦。甘草制吴茱萸色泽加深，气味稍淡。盐制吴茱萸表面焦黑色，香气浓郁，味较辛辣而微苦咸。炒吴茱萸表面颜色加深，略鼓起，香气浓郁，辛辣味稍弱。
【质量标准】吴茱萸杂质不得过7%，水分不得过15.0%，总灰分不得过10.0%，含吴茱萸碱和吴茱萸次碱的总量不得少于0.15%，柠檬苦素不得少于1.0%。制吴茱萸含吴茱萸碱和吴茱萸次碱的总量不得少于0.15%，柠檬苦素不得少于0.90%。
【炮制目的】吴茱萸味辛、苦，性热；有小毒。归肝经、脾经、胃经、肾经。具有散寒止痛，降逆止呕，助阳止泻的功能。
生吴茱萸多外用，长于祛寒燥湿。用于口疮，高血压症，湿疹，牙疼等。各种方法炮制对吴茱萸均有减毒作用，常供内服。多用于厥阴头痛，行经腹痛，脘腹冷痛，呕吐吞酸，寒疝腹痛，寒湿脚气，五更泄泻。其中盐制品宜用于疝气疼痛。
【临床应用】
1、生用
(1)口疮：用本品研细，醋调外敷涌泉穴，24小时后取下，可引火下行，治虚火上炎之口舌生疮、高血压等。
(2)牙痛：《食疗本草》用吴茱萸煎汤，加酒含漱，治风冷牙痛，有散寒止痛的作用。
(3)湿疹：本品研细末，用凡士林制成30%或20%的软膏治慢性湿疹；亦可用10%的软膏外搽治黄水疮。《古今录验方》用本品加水煎三五沸，外洗患处，用于阴痒生疮，亦可治诸疮。
2、制用
(1)脘腹冷痛：常与炮姜、桂(去粗皮)、川椒(炒出汗)、厚朴(姜汁炙)等同用，能散寒止痛，用于阴寒内盛，腹满胀痛，如吴茱萸汤(《总录》)。若用本品与黄连、半夏、木瓜等配伍，可治胃脘痛不能食，食则呕，其脉弦，如新定吴茱萸汤(《金匮翼》)。
(2)呕吐：脾胃虚寒呕吐，常与干姜、白术、半夏、附子等同用，治呃逆呕吐清水或稀涎，脘部作痛，喜热喜按，具有温中止呕作用。若肝火犯胃，则常与黄连合用，能清肝散火，降逆止呕，用于胁肋胀痛，吞酸呕吐，脘痞嗳气，如左金丸(《中药成药制剂手册》)；若再加竹茹、代赭石则可增强其作用。
(3)头痛：厥阴头痛常与人参、生姜、大枣同用，能温中散寒，下气降浊，用于头痛，呕吐涎沫，如吴茱萸汤(《伤寒》)。原方吴茱萸洗，现今常用制吴茱萸。亦可与细辛、生姜等同用，以增强散寒止痛之效，用于寒邪上犯，阳气被遏，巅顶疼痛，日久不愈，或兼吐涎沫。
(4)疝气：常与川楝子、小茴香(盐水炒)、沉香、肉桂等同用，能理气散寒，消肿止痛，用于小肠疝气，偏堕抽痛，睾丸肿大，坚硬不消，如疝气内消丸(《北京市中药成方选集》)。方中吴茱萸亦可用盐制品。
(5)脚气：可与槟榔、木瓜、陈皮、桂心等配伍，用于寒湿脚气，上攻心胸，壅闷痰逆，具有温经祛寒，下气泄毒的作用，如木瓜丸(《圣惠方》)。
(6)痛经：可与党参、肉桂、厚朴(姜炙)、黑郁金、干姜等同用，能温经散寒，养血止痛，用于月经不调，经期腹痛，子宫虚冷，寒湿白带，如温经丸(《中药成药制剂手册》)。
【现代研究】吴茱萸含挥发油，主要为吴茱萸内脂、吴茱萸烯、吴茱萸内脂醇等。又含生物碱，主要为吴茱萸碱、吴茱萸次碱、羟基吴茱萸碱等。还含吴茱萸啶酮和吴茱萸精等多种成分。
对吴茱萸炮制前后挥发油成分进行分析，结果吴茱萸经不同方法(炒、烘、晒)炮制后，生品及炮制品中挥发油成分的相对含量略有变化，但未有成分的消失或新化合物生成，说明三种不同炮制方法对其中挥发油未产生质的影响。对吴茱萸生品、甘草制品、醋制品、盐制品的挥发油进行气相色谱分析，挥发油总量依次按生品及醋、甘草、盐制品下降，盐制品仅为生品含量的一半。同时气质联用分析结果表明，生品和甘草制品挥发油组成分有明显区别，组分含量也发生了明显变化。生品挥发油共79个组分，检索出37个化合物；甘草制总共81个组分，检索出47个化合物。其中甘草制品挥发油中有13个化合物在生品中未被检出，而生品挥发油中有3个化合物在甘草制品中未被检出。经炮制后，挥发油各组分含量发生了变化，其中&beta；-水芹烯、&beta；-罗勒烯及月桂烯等主要成分的含量也有较大变化。以生物碱为指标，对吴茱萸及不同炮制品进行研究比较，结果表明，吴茱萸及其炮制品(甘草水浸炒、烘、晒)均含主要生物碱(吴茱萸碱、吴茱萸次碱)和辛内弗林。甘草水浸炒品总生物碱含量明显高于其他炮制品，似以此法为好。对吴茱萸生品、盐制品、醋制品、甘草制品水解氨基酸进行分析，结果表明，吴茱萸炮制后氨基酸总量有所下降，但变化不大。
急性毒性实验显示，吴茱萸毒性很小，炮制前后亦无显著差异。小鼠一次灌服50g/kg，大于人常用量的270倍，生、制吴茱萸均未见明显毒性反应；蓄积毒性实验亦显示心、肝、脾、肺、肾等均未见明显异常。
研究证实，药典法优于其他干燥方法，并用正交法筛选出了制吴茱萸的最佳工艺为每100kg吴茱萸，用甘草6kg煎汤，闷浸6小时，于230℃条件下炒制10分钟。对不同地区的10个样品采用最佳工艺炮制，进行生物碱定性鉴别及总生物碱、挥发油、浸出物含量测定，结果各样品炮制后均能检出主要生物碱吴茱萸碱和吴茱萸次碱，但含量有差异，其范围是生物碱为0.24%～0.59%，挥发油0.17%～0.70%，水浸出物5.0%～6.3%，这说明炮制品质量与原药材质量有很大关系。用上述最佳工艺制得3批样品进行总生物碱含量测定，结果3批样品之间无显著差异，说明优选出的工艺炮制的吴茱萸质量稳定。用电热炒药机对同一批号吴茱萸3批放大试验样品之间、中试样品之间与用中药炮制控温炉炮制的小试样品之间，其总生物碱、挥发油、水浸出物含量均无显著性差异，说明该工艺切实可行。但所用炒制机械容量不同，因此对同量吴茱萸炒制相同程度，所需时间不尽相同。
对吴茱萸生品、甘草制品、醋制品、盐制品进行了镇痛、抗炎、止泻实验的比较研究。结果表明：镇痛作用盐制品最好，依次为醋制，甘草制、生品。抗炎作用甘草制与生品明显强于醋制与盐制品。止泻作用强弱依次为生品>；甘草制品>；盐制品>；醋制品。
对吴茱萸不同炮制品种的总生物碱和水浸出物含量进行研究比较。结果表明：吴茱萸生品与药典法、醋制法、烘烧法炮制品总生物碱和水浸出物含量差异不大，烘烤法优于其他制法吴茱萸黄酮类成分具有较强的清除羟自由基的作用，生品及炮制品的作用效果略强于维生素C；除姜炙吴茱萸外其余炮制品与生药的效果相当。炮制品中以汤洗七遍和汤洗七遍文火干燥吴茱萸清除羟自由基的效果最差，姜炙吴茱萸效果最强。
采用高效液相色谱法测定吴茱萸碱及吴茱萸次碱的含量，对吴茱萸炮制工艺进行优选，结果表明：烤制时间80分钟，烤制温度100℃，放置厚度1cm为最佳炮制条件。采用高效液相色谱法测定吴茱萸碱及吴茱萸次碱的含量，对辅料甘草的炮制工艺优选，其最佳工艺为：甘草用量为6.25%，干燥温度为60℃，干燥时间为9小时。
【附】
1、近代的炮制方法还有姜制、酒制、黄连制、甘草盐制、醋制等。
2、文献摘录“凡使汤浸去苦汁六七遍，然后用盐水或黄连水炒”(《入门》)。“阴干，须深滚汤泡去苦烈汁七次始可焙用，治疝盐水炒，治血醋炒，止呕姜汁炒，疏肝胃黄连木香汁炒”(《害利》)。
【总结】吴茱萸古代的炮制方法很多，所用辅料也很广。有不用辅料炮制的，有用单一辅料炮制的，也有用复合辅料炮制的。其主要目的都是为了“去小毒”，加辅料制还有改变药性的作用。在众多的炮制方法中，以洗法、泡法、浸法、淘法和炒法为常用的去毒方法。辅料制也多将辅料先制成液体，再采用洗、泡、浸、淘与炒法或其他方法结合起来处理。在古方中，吴茱萸也以洗，泡、浸、淘和炒法用得最多。现今所用的甘草制在古代文献中未见记载，虽然张景岳有“元气虚者，当以甘补药制用之”的论述，但“甘补药”并非定指甘草，或许此法的产生可能受到了张景岳理论的启发，所以甘草制吴茱萸是炮制方法的一个重要衍变和发展。因为甘草既有较强的解毒作用，又能甘缓益气，抑制吴茱萸过于辛热走散，耗气伤阴之弊。
实验研究亦初步证明，不论以总生物碱为指标，或结合炮制品质量的稳定性来看，甘草制都优于其他炮制方法。但挥发油的变化却有不同的结果，需作进一步研究，而且应研究清楚挥发油及其组分与药效的关系。毒性试验结果似与古法“减毒”之目的不符，认为吴茱萸生品亦无毒。这个问题目前尚难定论，一是该药在小鼠身上的反应是否与人体一致，二是吴茱萸在临床上虽然未见中毒报道，但一般认为本品作用强烈，用量都不大，若服用量较大也会感觉喉部干燥难忍。古人所谓“小毒”是否指吴茱萸在临床上的某些不良反应。
临床上，内服一般都用制吴茱萸。在制吴茱萸中，因甘草制为《中国药典》法定的炮制方法，故常用，特别是中成药处方中的吴茱萸基本上都是甘草制。各地方炮制规范收载的方法主要是沿用古法中的炒法、姜制、醋制、盐制、黄连制、酒制几种炮制方法。以上几种炮制品大同小异，基本作用一致，所以临床上只能随地方规范上收载的方法选用炮制品。几种炮制品侧重点略有区别：甘草制吴茱萸药性较缓和，无明显耗气伤阴之弊，适于虚寒之证；盐制品引药下行，适于疝气疼痛；姜制品长于温胃止呕；酒制品长于散寒止痛，流通气血，适于寒性头痛和寒性痛经；醋制品长于疏肝镇痛；黄连制品适于肝气犯胃的吞酸呕吐；炒制品可缓和过于辛散之性，各种情况均可用，但不如其他炮制品在某一方面的作用那么强。