【古代炮制方法】南北朝有用甘草、紫背天葵、五方草同制法(《雷公》)、研法(《鬼遗》)。唐代有去杂石及炼制(《本草图经》)。宋代有以新汲水浓磨汁(《斗门方》)；细研，水飞过(《圣惠方》)；与蛇黄同研水飞(《衍义》)；荞麦灰煮：研如皂子大，绢袋盛，以养麦灰下汁煮三伏时，取出研如粉(《总录》)；以酽醋浸(《普本》)；用黄松节酒煮(《三因》)；蜜木瓜蒸(《朱氏)》等。元代有先以磁石引去铁屑，次用水乳钵内细杵，取浮者飞过净器中澄清，去上余水，如此法一般精制见朱砂尽干用(《活幼》)。明、清有蒸；黄芪、当归煮熟；椒红煮：朱砂二两不夹石，用夹绢袋盛悬于银石器内，用椒红三两，取井花水调椒入于器内，可分别用锅子注水置朱砂在器内，重汤煮令鱼眼沸三昼夜为度，取出辰砂细研水飞(《准绳》)；荔枝壳水煮(《启玄》)；麻黄水煮、炒制(《保玄》)；酒蒸(《普济方》)；煨制(《增广》)；甘草煮(《拾遗》)等。
【现代炮制方法】朱砂粉：取原药材，用磁铁吸尽铁屑，置乳钵内，加适量清水研磨成糊状，然后加多量清水搅拌，倾取混悬液。下沉的粗粉再如上法，反复操作多次，直至手捻细腻，无亮星为止，弃去杂质，合并混悬液，静置后倾去上清水，取沉淀晾干，再研细即可。或取朱砂用磁铁吸除铁屑，球磨水飞成细粉，60℃以下烘干，过200目筛。
【饮片性状】朱砂粉为鲜红色或黯红色极细粉，有光泽，质较重(密度8克/厘米3左右)而酥，易研细。无臭，无味。
【质量标准】朱砂含硫化汞(HgS)不得少于96.0%。朱砂粉含硫化汞(HgS)不得少于98.0%。
【炮制目的】朱砂性味甘，微寒；有毒，归心经。具有清心镇惊，安神解毒功能。内服能清心镇惊，安神，外用可杀菌解毒，生肌长肉。本品临床应用只入丸、散，或冲服，不入煎剂，水飞极细粉能清除杂质降低毒性，便于应用，故无论内服外用，均宜水飞过用。用于心悸易惊，失眠多梦，癫痫发狂，小儿惊风，视物昏花，口疮，喉痹，疮疡肿毒。
【应用选择】
1、失眠多梦常与甘草、黄连(酒洗)、当归、生地黄同用，能镇心安神，清热养血，可用于心火亢盛，阴血不足而致的心神不安，怔忡失眠，胸中烦热，夜睡多梦，舌红，脉细数者，如朱砂安神丸(《内外伤辨惑论》)。配伍当归、柏子仁、酸枣仁等养血安神之品，可治血虚心悸失眠。朱砂拌茯苓、茯神、远志、麦冬等，可增强宁心安神的作用。
2、惊悸、癫狂配伍炮附子、茯苓，可治心肾不足，气不升降的惊悸，如朱附丹(《普济方》)。配伍麝香、干蝎、豆豉，能开窍息风止痉，可治风痰所致的惊风，如朱砂丸(《医方类聚》)。用于惊恐或心虚所致的惊悸怔忡，可用朱砂入猪心中炖服或和猪心血为丸内服(《准绳》)。配伍雄黄、白附子、人参、菖蒲，能安魂定魄，可治惊忧失志，思虑过多，痰迷心窍，以致呼叫奔走，如朱雄丸(《医统》)。配伍大黄(酒蒸)、黄芩、沉香、礞石(煅)，可治痰热攻心，癫狂唱哭，如朱砂滚痰丸(《金鉴》)。配伍神曲、磁石，能摄纳浮阳，镇心明目，亦可治癫痫。
3、支气管炎与川军同用，研末为丸内服，可治慢性支气管炎(《天津医药》)。配伍全虫、僵蚕、天麻、冰片、牛黄、胆南星、甘草，可治小儿支气管炎、肺炎。
4、疮疡肿毒与黄蜡共熬成膏，可治一切顽疮、破疮、痈疽、发背，如朱砂膏(《景岳》)。与银朱、章丹、官粉、黄蜡、香油共熬成膏，能解毒去湿，可治疮疖溃破，流脓流水，湿气臁疮，如朱砂膏(《处方集》)。配伍生石膏、冰片、硼砂，为细末外敷，可治痈疽溃烂，红肿热痛，如生肌定痛散(《金鉴》)。与黄丹、白矾研末调敷，可治疗口腔炎(《中华口腔杂志》)。
【现代研究】朱砂和灵砂(合成品)X射线衍射曲线表明，两者的特征衍射线在峰位和强度上均相同，都由较纯的三方晶系HgS组成。但两者均不纯净，尤其含Pb量常可高达0.1%。人工合成朱砂中混入的成分较少，但基本与天然朱砂属同一数量级。Ti、Mn、Sr、Ba相对集中于酸溶，Cu、Co相对集中于碱溶。
炮制前后的朱砂具有一定的镇静和抗惊厥作用，急性、亚急性毒性实验表明朱砂的毒性分级属于低类的，认为目前《中国药典》规定的服用剂量是安全有效的，但随着服药次数的增加，组织中汞的蓄积量增加，其中以肝、肾组织含量最高，因此应避免大量、长期和不合理的服用方法。
不同炮制方法对朱砂中游离汞含量影响很大，球磨朱砂中游离汞含量有的可高达3028μg/g，高于国家饮用水标准300多倍，水飞法朱砂的游离汞含量均低于1μg/g，认为水飞法炮制工艺优于球磨法。比较了水飞、湿法研磨、粉碎机粉碎、粉碎水漂3次，粉碎沸水漂3次五种炮制品用水及稀酸提取液，结果表明水飞炮制后的朱砂中游离汞和可溶性汞盐含量最低，粉碎机制品含量最高。另外，还发现稀酸提取液中溶出有毒汞的含量最高，因此设想用稀酸水来炮制朱砂，可以提高消除朱砂中毒成分的能力。有研究表明，稀酸溶液的除去毒性成分能力有可能比水提高200～500倍，据此分析，古代用甘草水煮制朱砂及用醋淬、醋浸处理都能降低朱砂毒性。采用原子吸收分光光度计测定炮制朱砂在人工肠液和人工胃液中可溶性汞的含量。结果：朱砂中的可溶性汞盐主要是在人工胃液中溶解，在人工肠液溶解极少哺。对四川、贵州两地产的朱砂作了不同炮制后测定硫化汞、铅、铁含量，结果表明不同炮制工艺朱砂的外观质量不同，两步球磨法和水飞法加工的朱砂外观最好。毒性汞存在，其含量因产地和品种不同而异，水漂对降低朱砂中铅与铁含量有明显作用，认为采用两步球磨水漂法为好，即：先将朱砂在球磨中磨成90～100目的细粉，加水磨成140目细粉，再用2倍水漂15次以上，低温干燥。另对朱砂炮制品的物理结构、颗粒直径、含汞量、游离汞和杂质含量等方面进行理化测定，实验结果显示球磨水飞是一种较理想的炮制方法。
有研究得出，优选的朱砂水飞工艺为：精密称取净制后的朱砂，置于乳钵内，加5倍量水研磨至糊状，加1:50量水搅拌停留6分钟，倾出混悬液，下沉的粗粉继续研磨。如此反复6次以上，直至手捻细腻，无亮星为止，弃去杂质，合并倾出的混悬液静置8h以上，倾出上清液，取沉淀置40～60℃干燥，研散即可。并初步建立朱砂水飞品的质量指标：橘红色，手感细腻，粒径小于25μm，体轻，无臭，镜下观察：微粒圆整，均匀，颜色为白色，HgS含量不低于96%。
另采用纳米化加工技术将朱砂中不溶性HgS颗粒加工成纳米状态，采用表面活性剂处理，去除可溶性汞和游离汞，朱砂的药用效果可能会增加，毒副作用会降低。进一步证实，纳米状态的朱砂，其毒性会降低。
朱砂中游离汞含量与炮制器具也有关，用铁球磨罐研磨的朱砂有害汞含量最高。瓷球磨罐研的朱砂用于竹罐打光时，丸药外观色红，鲜艳，色泽最佳，且游离汞含量最低。用不锈钢罐穿衣打光的丸药，外表黯红，其成品中游离汞含量与竹罐出光的无明显差异。铜罐打光的丸药呈黑紫色，游离汞明显升高，故认为古代炮制朱砂时要求先以磁石引去铁屑，忌与金属器接触是有道理的。
【附】
1、现代还有甘草制法取朱砂研碎，用甘草汤泡洗，连续洗3次(每次换新甘草水)，晒干，放瓷罐内研细末，加清水磨一星期(每日换水)，去掉杂质，至朱砂成滑，去水晒干。朱砂每100千克用甘草6千克。
2、文献摘录入药只宜生用，慎勿升炼，一经火炼，饵食之杀人，研须万遍，要若轻尘，以磁石吸去铁气。(《大法》)但服丹砂有法，丹砂1斤，切不可煅，须觅明亮者，研末水飞过，用茯苓末2斤，生甘草3两为末共拌匀，每日用白滚水调3钱，不须1月，轻粉之毒尽散而结毒全愈矣。盖鱼龙蛇鳖之毒，中入于人身内外者，用丹砂煮熟作汤，或火煅为末服之，则毒气消尽，丹砂生用则无毒，熟用则有毒，以毒攻毒，故能奏功独神耳。(《新编》) 【总结】朱砂始载于《神农本草经》，名丹砂。药用多系天然朱砂，矿物学上称辰砂，人工合成朱砂称灵砂。其炮制目的是为除去杂质，除去水溶性毒性成分，研磨成极细粉以便制剂及服用。不能火炼，炼则增加毒性，已有多部文献指出，现代亦有朱砂在煎煮制剂过程出现毒性反应的报道，煎煮是因水熬千，药物烧焦，HgS遇高温则析出游离汞。朱砂与铝制品能生成有毒的汞齐，临床上表现为恶心、腹痛等症状。自南北朝开始炮制多用研、水飞、研细末水飞过的方法，此法一直沿用至今。古代文献上虽有水煮、酒制、醋制、药制等，但最后朱砂均须研成极细粉或水飞，所以水飞法是朱砂炮制的主要方法。南北朝起有用甘草制的，现代亦有沿用，用甘草汤泡洗及水泡洗过的朱砂在颜色及汞含量上与原药材有显著不同，认为甘草制可消减毒性。
朱砂是一味传统矿物药材，临床疗效肯定，是朱砂安神丸、安宫牛黄丸、七厘散、小儿百寿丸的主要原料，但有一定的毒性，故应严格遵医嘱服用，且不宜久服，尤其大剂量服用朱砂复方制剂时更要慎重，因为口服含朱砂的复方制剂，机体从其中吸收的汞要比口服单味朱砂多。
朱砂长时间与空气接触，将引起硫化汞等被氧化，颜色变为黯紫色，故应包装严密，忌与金属器皿接触，放置于阴凉干燥处贮存。